Baidoa was na de zuidelijke havenstad Kismayo de belangrijkste machtsbasis van de beweging, die zich onlangs aansloot bij al-Qaeda. Het verlies wordt gezien als een zware klap voor al-Shabaab. Door de stad loopt een cruciale verbindingsweg naar de hoofdstad Mogadishu en delen van Kenia.
Eerder moest al-Shabaab zich al terugtrekken uit Mogadishu. In het zuiden vecht het Keniaanse leger tegen al-Shabaab, die ook last zou hebben van interne verdeeldheid.